فرع الأحياء المجهرية هو احد الفروع الخمسة تأسس مع تأسس الكلية في عام 1993, يقوم بتدريس المواد النظرية والعملية في الأحياء المجهرية البيطرية والطفيليات والمناعة والفيروسات لطلبه المرحلة الثالثة ومادة البايولوجي لطلبة المرحلة الأولى بالإضافة إلى تدريس مواد الدراسات العليا باختصاص الأحياء المجهرية والطفيليات (بكتريا , فطريات , فيروسات , مناعة , طفيليات ,) حيث يمنح الفرع شهادة الماجستير في علوم الطب البيطري باختصاصات الأحياء المجهرية (بكتريا , فيروسات , فطريات , مناعة و تقنيه حيويه) وشهادة الماجستير في علوم الطب البيطري باختصاص الطفيليات البيطرية منذ عام 2001-2002 . وتخرجت عشر دورات لحد الان وبلغ عدد الطلبه الكلي المتخرجين والحاملين لشهاده الماجستير68 (بواقع 50احياء مجهريه -18طفيليات)
أهداف الفرع
تدريس وتعليم الطلبة علوم الاحياء المجهرية البيطرية.
تخريج أطباء بيطريين أكفاء قادرين على تشخيص الإمراض من الناحية المختبرية والتعرف على أهم الاختبارات التشخيصية.
مواكبة التطورات العلمية في مجال العلوم الطبية البيطرية الأساسية.
التواصل مع المجتمع من خلال الاشتراك في متابعة الإمراض المشتركة واتخاذ ما يلزم من الناحية البيطرية.
أعداد حملة شهادات عليا في العلوم الطبية البيطرية الأساسية.
التواصل مع الانجازات الطبية الحديثة من خلال الإقامة والاشتراك في المؤتمرات ذات العلاقة.